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约翰霍普金斯大学的研究人员开发了在线工具,

2019-04-05 11:22:01 健康74℃

  约翰霍普金斯大学的研究人员开发了在线工具,以加快新药的开发,以预防埃博拉病毒 2014年11月24日 约翰霍普金斯大学的生物医学工程师开发了一种免费的,基于浏览器的在线工具,可以加速创建治疗或预防埃博拉病毒感染的新药。 该软件名为MuPIT Ebola Edition,使研究人员能够在三维蛋白质结构的背景下可视化埃博拉基因突变。它还提供了位于蛋白质表面上的称为表位的抗体结合位点的视图。这些网站可能为研究人员提供预防性疫苗和血清的新目标,以治疗已经感染的人。 MuPIT是Mutation Position Imaging Toolkit的缩写。 “更多地了解突变和结合位点对于开发治疗埃博拉患者的新的和更好的方法非常有价值,并且理想情况下,首先要防止病毒感染人类”。监督该项目的Rachel Karchin说。 Karchin是约翰霍普金斯大学生物医学工程副教授,William R. Brody教师学者,也是该大学计算医学研究所的核心教员。 她补充说,“了解埃博拉基因组突变的进化和功能重要性非常重要,因为它可以帮助我们预测未来病毒将如何发生变化,然后帮助我们设计能够中和病毒并防止感染的疫苗。 " Karchin指出,许多现有疫苗是通过工程化特异性抗体制备的,这些抗体是与病毒表面蛋白结合的Y形分子,有助于防止病毒复制和传播。例如,她说,最近用于治疗几名埃博拉感染的医护人员的药物ZMapp是三种抗体的混合物。 Karchin的团队设计了新的数字显示工具,以连接加州大学圣克鲁兹分校最近发布的新的埃博拉基因组浏览器。 UCSC浏览器提供有关病毒的详细遗传信息。约翰霍普金斯附加组件提供了埃博拉蛋白质的三维视图,使其更容易解释突变的功能含义及其与埃博拉病毒进化及其潜在脆弱性的关系。 Karchin实验室的MuPIT埃博拉病毒软件是根据UCSC生物信息学研究员David Haussler的要求设计的,他是Karchin的研究生导师之一。她于2003年在该校获得博士学位。 相关故事研究可以对针对西非蝙蝠病毒的艾滋病病毒感染的疫苗接种政策产生影响。唾液腺可能成为研究病毒传播的关键研究工具“埃博拉病毒基因组浏览器允许世界各地的研究人员和医疗保健专家跟踪突变适应性爆发期间的病毒,“奥斯勒说。 “由UCSC人类基因组浏览器的创建者Jim Kent领导的Santa Cruz团队向Karchin实验室寻求软件,以便根据它们对病毒蛋白质的影响来观察基因组中发生的变化。令人兴奋的是,我们在基因组学方面的工作使用MuPIT实现三维生活。对于那些与爆发作斗争的人来说,它为埃博拉门户带来了一个重要的新维度。 Karchin表示,研究表明,病毒抗体结合位点的突变非常重要,因为它们可以提供新抗体疫苗对抗埃博拉等疾病的有效性的线索。她补充说,因为蛋白质是三维分子,在屏幕上看到它们的突变和表位作为三维结构可以提供关于它们的功能和临床重要性的重要细节。 第一版MuPIT Ebola提供了用户指定突变的可视化以及101个病毒基因组序列的突变,这些突变源自西非埃博拉病人的血液样本。它包括来自Universal Protein Resource数据库的功能注释和来自Immune Epitope和Analysis Resource的表位序列。 可以在http://mupit-ebola.icm.jhu.edu/访问MuPIT埃博拉版浏览器。 “我们希望通过与埃博拉研究人员的互动来不断更新和改进该工具,”卡尔金说。 MuPIT埃博拉病毒版本代表了约翰霍普金斯计算医学研究所的Karchin实验室,生物信息学软件公司In Silico Solutions和UC Santa Cruz Ebola Genome Portal的合作。计算医学研究所包括约翰霍普金斯大学Whiting工程学院及其医学院的研究人员。 资料来源:约翰霍普金斯大学

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